Le microbiote du nouveau-né, entre immaturité et dysbiose

Particulièrement fragile dans les premiers mois de vie, le microbiote intestinal du nouveau-né puis du nourrisson peut, selon le nombre et la nature des agressions, présenter une dysbiose. Celle-ci peut soit être corrigée rapidement soit se pérenniser et entraîner un état pathogène à plus ou moins long terme. Mais la dysbiose n’est pas la seule en cause : l’immaturité du microbiote du tout-petit a également sa part de responsabilités. « Cette immaturité est associée à un surrisque infectieux, affirme Aurélie Morand, pédiatre infectiologue (hôpital de la Timone, Marseille)(1), c’est un fait établi ». La méningite à streptocoque B chez le nouveau-né, par exemple, est favorisée par un portage digestif, une barrière muqueuse immature et un microbiote qui ne sera pas de taille à entrer en compétition avec l’agent infectieux, ni capable de stimuler les protéines de jonction épithéliales, et d’activer efficacement le système immunitaire. Par conséquent, les bactéries accèdent sans trop de difficultés jusqu’à la barrière hémato-encéphalique et la franchissent(2). C’est aussi pour cette raison que les moins de 1 an ne doivent pas consommer de miel ; l’immaturité du microbiote permettant la colonisation du tube digestif par Clostridium botulinum.   L’œuf ou la poule ?   La question de l’œuf ou la poule se pose devant les interactions entre dysbiose et diverses pathologies ; certaines étant, à court ou à moyen terme, plus prévalentes en cas de dysbiose. « La différence de portage bactérien au niveau respiratoire influencerait la sévérité des bronchiolites, affirme A. Morand(3). Par ailleurs, en néonatologie, les enfants qui développent des entérocolites nécrosantes hébergent un microbiote enrichi en d’autres espèces que celles rencontrées chez les sujets sains, précisément en Clostridium butyricum. D’où la question de son implication directe dans la pathogénie, notamment en raison de son caractère pro-oxydant et du pH plus acide qui est P constaté. » Pour sa part, la dysbiose post-antibiotiques est associée à des diarrhées acquises aux antibiotiques(4). Sur ce point, toutes les études convergent. Dans le domaine de l’obésité, le phénotype « obèse » entre 2 et 5 ans est corrélé à une altération du microbiote post-antibiotiques avant 2 ans(5). De nombreuses études sont en faveur de l’hypothèse suivante : l’antibiotique serait une sorte de probiotique pour certaines bactéries proobésité et appauvrirait en même temps le microbiote en certaines bactéries protectrices. Dans un autre domaine, celui des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), des preuves indirectes du rôle du microbiote ont été obtenues, au vu des différences de composition bactérienne entre les patients MICI et les sujets sains. Tout en sachant que l’immunité en cas de MICI est bien spécifique, sous-tendant des interactions immunité-microbiote particulières au sein d’un tube digestif très inflammatoire. « La dysbiose orienterait alors le système immunitaire plutôt vers les voies Th17 et Th 1, explique Aurélie Morand, avec plus de cytokines pro-inflammatoires et moins d’acides gras à chaîne courte au rôle pourtant crucial dans la constitution de la barrière intestinale. Tout cela entretiendrait des conditions pro-inflammatoires, propices aux MICI(6). » Dans le diabète de type 1 (DT1), plusieurs équipes ont observé que la dysbiose précédait l’apparition d’auto-anticorps spécifiques, suggérant que l’auto-immunité commençant à parler à bas bruit, influencerait alors la composition du microbiote. La dysbiose résultante stimulerait à son tour une immunité prédisposée. De la même manière, l’atopie est beaucoup plus prévalente en cas de dysbiose post-antibiotiques. Le risque d’asthme, notamment, semble augmenter lorsque la diversité bactérienne chute. La dysbiose, orientant l’immunité vers la voie Th1 et Th 2, favoriserait ainsi certaines atopies et même l’allergie.