Covid-19 : quel impact 3 ans après sur les infections bactériennes ?

Après la mise en place des mesures de lutte contre le Covid-19, un infléchissement brutal de la courbe des infections invasives à pneumocoques (IIP) a été observé dans de nombreux autres pays à travers le monde(1). Il n’y a pas eu de modification significative du portage rhinopharyngé des pneumocoques, ni de la distribution des sérotypes chez les enfants de moins de 2 ans durant la pandémie en France(2). Le sérotype non vaccinal 24F (18 %) reste prédominant, suivi des sérotypes 10A et 15BC. Parmi les sérotypes isolés du rhinopharynx au cours des otites moyennes aiguës chez l’enfant de 6 à 24 mois, les plus fréquents sont les sérotypes 15B/C puis 23B et 11A. Dans des pays qui ont levé les mesures anti-Covid-19 plus vite que le nôtre, l’incidence des IIP est repartie à la hausse fin 2021. En France, cette augmentation s’est amorcée fin 2022. Par ailleurs, après avoir diminué au décours de la pandémie de Covid-19, la proportion de pneumocoques de sensibilité diminuée à la pénicilline est repartie à la hausse dans un contexte de forte consommation d’antibiotiques en médecine ambulatoire. La prudence est de mise car la pression de sélection s’exerce sur les sérotypes non vaccinaux, en particulier sur les sérotypes de portage. D’où l’intérêt majeur de la surveillance microbioclinique. On a également constaté une diminution de l’incidence des infections invasives à méningocoques (IIM) durant les deux premières années de la pandémie de Covid-19, ce quel que soit le degré d’astringence des mesures mises en place (1). En France, le nombre de cas a pratiquement été divisé par deux en 2020. Cette baisse concerne toutes les classes d’âge. Elle s’est produite dès la première semaine de confinement pour les sérogroupes W, qui appartiennent à des génotypes hyperinvasifs, un peu plus lentement pour les autres sérogroupes. Les formes cliniques ont également changé, avec une augmentation significative des pneumonies invasives, surtout chez les adultes de 65 ans, en 2020 versus 2019(3). Une équipe française a très vite évoqué la possibilité d’un rebond des cas d’IIM après l’assouplissement ou l’abandon des mesures anti-Covid-19 qui pourrait être la conséquence de deux phénomènes : une réduction de l’immunité collective liée à une diminution de la circulation des isolats bactériens et viraux, et le recul de la vaccination en 2020 (concept de « dette immunitaire »)(4). En 2022, le nombre de cas est effectivement remonté, en particulier chez les 16-24 ans. Il a été presque multiplié par trois par rapport à 2021. La majorité de ces IIM est due au sérogroupe B (51 % des cas). Le sérogroupe Y est passé en deuxième position (24 % des cas), suivi de près par le sérogroupe W (20 % des cas). Le sérogroupe C reste très minoritaire (3 % des cas).   Les interactions virus-bactéries De très nombreuses études confirment la « précession » ou la survenue simultanée d’une infection virale et d’une infection bactérienne plus ou moins sévère. Une des difficultés est que les bactéries impliquées dans ces interactions font partie des microbiomes respiratoires et qu’il existe aussi un portage de virus respiratoires sans signes cliniques. Des associations ont déjà été décrites entre la grippe et le méningocoque, Hæmophilus influenzæ et Staphylococcus aureus, le VRS (et la grippe) et le pneumocoque, la varicelle et le streptocoque du groupe A (SGA). La pandémie a suscité un regain d’intérêt pour les interactions virus-bactéries. De fait, l’application des mesures anti- Covid-19 a diminué la fréquence aussi bien des infections virales que bactériennes. Cet impact concerne les infections invasives, mais aussi les infections courantes. Une étude en pédiatrie ambulatoire a en effet mis en évidence une diminution d’environ un tiers du nombre de cas de scarlatine, d’infections entérovirales, de rhinopharyngite, de bronchiolite et de gastroentérite entre 2018 et 2021 en France(5). Il a également été montré que le recul des IIP chez les enfants après la mise en place des mesures anti-Covid-19 est associé à une diminution des infections virales respiratoires plutôt qu’à une réduction du portage du pneumocoque(6). Ceci suggère que l’immunoprophylaxie ou les vaccins contre le VRS et la grippe pourraient prévenir de nombreux cas d’IIP chez l’enfant. Enfin, une augmentation significative des cas pédiatriques d’infections invasives à SGA sévères a été signalée à partir de novembre 2022. Cette recrudescence pourrait être due, au moins en partie, à un rebond après la levée des mesures barrières chez des enfants dont le système immunitaire n’a pas été au contact avec les souches de SGA circulant habituellement(7).   Nouveautés sur le Covid-19 Au printemps 2020, les formes graves de Covid-19, notamment hospitalisées, étaient beaucoup moins fréquentes chez l’enfant que chez l’adulte. Cela reste toujours vrai, y compris pour les variants Omicron. En revanche, avec l’arrivée de ces variants plus transmissibles que les souches ancestrales, la situation a changé. Les enfants sont désormais aussi souvent infectés et aussi contaminants que les adultes, et ils ne se contaminent plus majoritairement dans leur milieu familial. Deux succès dans la lutte contre le Covid-19 sont à mettre au crédit de la France : l’ouverture des écoles et la campagne de vaccination des adultes et des adolescents. Mais les variants continuent à évoluer. En témoigne l’émergence, en janvier 2023, du variant Omicron BF7 en Chine et du XBB.1.5 aux États-Unis. Fait important : il n’y a pas eu d’augmentation de la mortalité infantile pendant toute la période Covid-19. Le problème posé par le syndrome PIMS (Pediatric Inflammatory Multisystemic Syndrome) est en voie de résolution et le Covid long chez l’enfant reste rare. On dispose d’un nombre croissant de preuves d’une immunogénicité et d’une efficacité des vaccins anti-Covid-19 chez l’enfant au moins égales à celles de l’adulte. Depuis décembre 2022, la HAS recommande de vacciner les enfants de 6 mois à 4 ans à risque de forme grave. Il apparaît évident aujourd’hui qu’il faut continuer à vacciner ou à rappeler les enfants à risque et à vacciner les femmes enceintes pour elles-mêmes et pour protéger leurs nouveau-nés et nourrissons pendant quelques mois. La question de l’opportunité de vacciner les enfants de plus de 2 ans sans pathologie sous-jacente déjà infectés reste posée. De même, on ignore encore si les enfants nés depuis 2022 qui, dans leur immense majorité n’ont pas été infectés, vont ou non « forcément » s’infecter par le SARS-CoV-2 par la maladie naturelle ou par la vaccination dont on sait qu’elle est bien tolérée.